Retrospektywna odprawa wywozowa również jest możliwa. Zazwyczaj najpierw składa się wniosek do urzędu celnego o pozwolenie na odprawę, a po uzyskaniu zgody, wysyła się zgłoszenie celne do systemu AES.

Retrospektywna odprawa celna w eksporcie jest ostatecznością. Jeżeli nie da rady w prosty sposób potwierdzić wywozu towaru, należy zawnioskować o alternatywne potwierdzenie wywozu. Jak sama nazwa wskazuje, wywóz potwierdza się przy użyciu innych dowodów niż komunikat z urzędu granicznego. Dowodami takimi mogą być pieczątki na CMR, odprawa celna importowa i potwierdzenie opłaty należności celnych w kraju docelowym, dowód rejestracyjny pojazdu w kraju docelowym (w przypadku eksportu samochodu, motocykla itp.), zatwierdzenie przyjęcia na magazyn odbiorcy itp.